Тобольский кремль — это единственный каменный кремль во всей Сибири, его памятники — уникальные образцы сибирского зодчества. Каждый этап возведения и каждый памятник кремля являются вехами важнейших событий русской истории.

К началу XVIII века были построены каменные стены и башни кремля, а также ряд не дошедших до нашего времени построек, находившихся на одной западной линии с Софийским собором: Троицкий собор, архиерейский дом, Святые ворота с церковью Сергия Радонежского и колокольня. Руководил возведение сибирский митрополит Павел, бывший до назначения в Тобольск архимандритом Чудова монастыря в Московском Кремле. Соборные церкви, возведенные им, имели крестово-купольную структуру и завершались пятиглавием.

В конце XVII века возведение в кремле осуществлял по своему проекту, утвержденному в Москве, Семен Ремезов, картограф и историк Сибири. Необходимые навыки каменного строительства он получил в столице. У южного обрыва горы строится Приказная палата (1699—1704). В северо-западном углу кремля сооружается Гостиный двор (1702—1706). Кремль Ремезова — новый административный центр Сибири — повторял ломаную конфигурацию предшествующих стен и наугольных башен. Однако светские здания имели все стилистические черты московской архитектуры XVII века. Уникальный талант Ремезова сказался в новом осмыслении композиции кремля. По его проекту, поднимаясь на шестидесятиметровую высоту Троицкого мыса, надо было пройти через триумфальные Дмитриевские ворота, отдавая дань памяти покорителю Сибири Ермаку, и за тем — мимо плотной вертикали высотных сооружений Софийско-Успенского собора и Вознесенской церкви; выезд из кремля был задуман через Спасские ворота с башней.