В мае 1705 года Пётр I находился на острове Котлин для приготовления защиты от нападения шведов. Пётр понимал, что один Кроншлот шведов не остановит. Поэтому на берегу острова было найдено место для возведения береговой батареи. Возведение поручили Ивану Крюйсу, командиру шнявы «Де-Грас». Возводили быстро. Уже 1 июня на новой батарее установили орудия. Батарею назвали именем Святого Яна.

В 1721 году после подписания Ништадского мира, Пётр требует защитить корабли, которые находятся в Купеческой гавани от возможных обстрелов со стороны моря. Он повелел усовершенствовать батарею Святого Яна, а затем возвести новую батарею, которую назвали «Цитадель».

 7 сентября 1834 года указом Императора Николая I форт «Цитадель» переименовали в форт «Император Пётр I».

В дальнейшем, на форту «Пётр I» не только складировалось вооружение, но и работала лаборатория по взрывчатым веществам. В настоящее время форт находится в ведомстве ВМФ и закрыт для посещений.