Музей новейшей китайской истории находится в здании бывшего президентского дворца в Нанкине.

Со времён династии Мин здесь расположен дом наместников провинций Анхой, Цзянсу, Цзянси. В 1853-64 гг. она была увеличена для размещения покоев лидера восстания тайпинов Хун Сюцюаня. После взятия Нанкина цинскими войсками дворец был снесён, и на его месте возведена новая резиденция наместников.

Во время Синьхайской революции Сунь Ятсен объявил Нанкин китайской столицей и принёс во дворце присягу как временный президент Китайской республики. Дворец вновь стал служить президентской резиденцией после Северного похода, когда его избрал своим местом жительства Чан Кайши. Во время Второй мировой войны здание занимал коллаборационист Ван Цзинвэй.

После бегства гоминьдановского правительства на Тайвань дворец в Нанкине продолжал использоваться коммунистами для правительственных нужд до конца 1980-х гг., пока в нём не решили устроить музей. Это одно из немногих мест в Китае, где вывешен тайваньский флаг.