Крепость Клис - одно из наиболее значимых укреплений в Хорватии, из-за стратегической важности, имела огромное значение для обороны. Первые записи относительно крепости 10-ого столетия говорят о Римской крепости Клеиса осаждаемой аварами и славами, которые спешили захватить Салону в первой половине 7-ого столетия во время прибытия Хорватов. Двумя столетиями позже Клис уже стал одним из центров Хорватского государства. В документе, выпущенном принцем Трпимиром в 852г., крепость упомянута как его собственность, а также она стала центром Раннего Хорватского Побережья или Графства Клис.

Конец 11-ого века был отмечен концом Хорватской национальной династии, и Клис попал под правление венгеро-хорватских королей. Один из них, Бета IV и его семейство, использовал крепость Клис как защиту в течение осад татарами в 1242г., во время которых была рождена его дочь Маргита. К концу 13-ого столетия Клис управлялся принцем Субикским Брибиром, самым могущественным семейством Хорватии, и с 1335 г. город снова был под защитой короля и командующих. Наиболее активное время истории Клиса наступило с 16-ого столетия - время самого большого Турецкого вторжения в эти области. Важную роль в защите играл Петар Крузич, капитан и городской герцог, который вместе с его воинами в течение двух с половиной десятилетий сопротивлялся турецким нападениям и осадам. С его смертью 12 марта 1537 г., Клис попал под турецкое правление, которое означало потерю наиболее мощного хорватского укрепления в Далмации. В течение 111 лет Река Жардо была границей между Турецким Клисом и контролируемым венецианцами Сплитом. Затем хорваты использовали элемент неожиданности и сумели занять крепость в апреле 1596г. Однако турки к концу мая, нанеся поражение Хорватскому генералу Джураю Ленковичу, вернули крепость себе. Уже 31 марта, 1648 Венецианская армия во главе с генералом Леонардо Фосколо, поддерживаемая многочисленными хорватскими местными жителями, после 10 дней ярых сражений достигли самого большого успеха в течение всей Войны. Область Клиса стала специальной военной и административной областью. Крепость Клис, полностью восстановленная и значительно увеличенная, осталась под флагом Венеции до 1797г., когда была взята австрийцами. С 1805 до 1813г. она управлялась французами. Период второго Австрийского правления продолжался до конца Первой Мировой войны в 1918г., когда, с падением Австро-Венгерской империи, Клис вместе с оставшимися частями Хорватии разделил судьбу всех хорватских земель в пределах границ Королевства Сербов, Хорватов и Словенцев, и впоследствии Югославии. В течение Второй Мировой Войны, с апреля 1941 до октября 1944г., крепость Клис в последний раз использовалась для военных целей.